Existen varios tipos de flutter auricular:
El flutter auricular típico es el tipo más frecuente y se produce por la recirculación de un impulso eléctrico alrededor de la válvula tricúspide, situada entre la aurícula y el ventrículo derechos. El tratamiento farmacológico es poco eficaz y no está exento de efectos secundarios, por lo que el tratamiento de elección es la ablación con catéter, que goza de un alto porcentaje de éxito y un mínimo riesgo de complicaciones.
El flutter auricular atípico es menos frecuente y se caracteriza por circuitos menos organizados y de más difícil localización y acceso. Es frecuente que aparezca en pacientes con algún tipo de cardiopatía (especialmente en pacientes que han sido sometidos a una intervención quirúrgica del corazón) y que coexista con otro tipo de arritmias como la fibrilación auricular. Los fármacos suelen ser ineficaces para la interrupción de la arritmia, aunque sí pueden ser útiles para el control de la frecuencia cardíaca. En este tipo de arritmias, la ablación con catéter requiere a menudo de sistemas de navegación.
Independientemente del tipo de flutter, esta arritmia conlleva un riesgo de fenómenos tromboembólicos, por lo que generalmente el paciente deberá tomar anticoagulantes durante un periodo de tiempo cuya duración vendrá determinada por las características del flutter, los factores de riesgo del paciente y el tratamiento establecido.